Οι πρώτοι κάτοικοι της Σαμοθράκης ήταν Κάρες. Αργότερα εγκαταστάθηκαν Θράκες οι οποίοι έδωσαν και τα πρώτα ονόματα στο νησί Σαόνησος , Σαωκίς και Σάος από το ψηλότερο βουνό Σάος, απ’ όπου, σύμφωνα με την μυθολογία, ο Αγήνορας ο βασιλιάς των Φοινίκων παρακολουθούσε την μάχη της Τροίας.
Γνωστή από τα ομηρικά χρόνια, η Σαμοθράκη είχε αποικείες στην Θρακική ακτή μεταξύ Μαρώνειας και Αίνου στην Περαία. Αυτή την αποτελούσαν πολλές μικρές πόλεις, μία από τις οποίες ήταν και Περροχή, εκεί που βρίσκεται σήμερα η Αλεξανδρούπολη. Από το τέλος του 6ου αιώνα και τις αρχές του 7ου αι. π.Χ., η Σαμοθράκη μπαίνει στην περίοδο της ακμής της. Αποκτά δικό της ασημένιο νόμισμα με την εικόνα της Θεάς Αθηνάς, κτίζονται τα μεγαλύτερα τμήματα του τείχους της, το ιερό διακοσμείται με κτίρια όπως το ανάκτορο και ο Οίκος των Αφιερωμάτων και η πόλη καταλαμβάνει τη μεγαλύτερή της έκταση.
Εδώ πάνω σώθηκαν οι Κάβειροι. Σύμφωνα με την παράδοση, κάποτε ο Εύξεινος Πόντος ξεχείλισε και αφού διέσπασε το φραγμό που του δημιουργούσαν οι Συμπληγάδες Πέτρες στη βόρεια έξοδό του και το στενό του Ελλήσποντου, είχε ως αποτέλεσμα να κατακλυσθεί και η Σαμοθράκη. Από τον κατακλυσμό σώθηκαν μόνο οι Κάβειροι, μυστηριακές θεότητες Φρυγικής καταγωγής, γιοί του Ήφαιστου και της Καβειρούς, οι οποίοι κατέφυγαν στην κορυφή του βουνού Σάος. Από αυτούς προήλθαν τα Καβείρεια Μυστήρια, οι τελετουργίες εκείνες για τη μύηση στη μυστική θρησκεία των αρχαίων Ελλήνων.
Σ’ αυτά τα μυστήρια η Σαμοθράκη οφείλει και τη μεγάλη φήμη της κατά την αρχαιότητα, μια που ήταν ένα Πανελήνιο θρησκευτικό κέντρο, παρόμοιο με τον ναό της Δήμητρας και της Περσεφόνης στην Ελευσίνα. Η Σαμοθράκη ήταν από την αρχαιότητα σημαντικό θρησκευτικό κέντρο, σεβαστό και προστατευόμενο μέχρι τέλος του 4ου μ.χ. αιώνα. Εδώ υπήρχε το ιερό των Μεγάλων Θεών και των Μυστηριακών τελετών. Λάτρευαν την Θεά Αξτερο που οι Ελληνες ταύτιζαν με την Θεά Δήμητρα, τον Κάδμιλο που ταύτιζαν με τον Ερμή καθώς επίσης και τους δίδυμους δαίμονες Κάβειρους. Ο ιερός χώρος της λατρείας των Μεγάλων Θεών, βρίσκεται στο Β. μέρος του νησιού στην Παλαιόπολη. Τόπος πνιγμένος στα πλατάνια, στις ελιές και στις πικροδάφνες.
Η προνομιακή θέση της Σαμοθράκης την ανέδειξε στους αρχαϊκούς χρόνους, σε μια αξιόλογη πόλη – κράτος, με δικό της νόμισμα και στόλο. Καταλήφθηκε από τους Πέρσες το 508 π.Χ, Το 477 π.χ. γίνεται μέλος της Αθηναϊκής συμμαχίας. Μετά τη λήξη του Πελοποννησιακού πολέμου οι Σπαρτιάτες καταλαμβάνουν την Σαμοθράκη και ο στρατηγός τους Λύσανδρος μυείται στα μυστήρια των Καβείρων των οποίων η φήμη είναι μεγάλη και το ιερό των Μεγάλων Θεών γίνεται σημαντικό διεθνές θρησκευτικό κέντρο.
Οι Ελληνες βασιλείς της Μακεδονίας, της Θράκης και της Αιγύπτου έθεσαν το ιερό υπό την προστασία τους και το πλούτισαν με μαρμάρινες κατασκευές και αναθήματα. Στη συνέχεια και μέχρι το 168 π.Χ βρισκόταν κάτω από μακεδονική κυριαρχία. Μετά τη Μάχη της Πύδνας το νησί απέκτησε την ανεξαρτησία του, αλλά ο αυτοκράτορας Βεσπασιανός το ενέταξε στη Ρωμαϊκή Αυτοκρατορία το 70 μ.Χ.. Οι Βυζαντινοί ήταν οι επόμενοι κυρίαρχοι του νησιού μέχρι το 1204, αργότερα ήρθαν οι Βενετοί και μετά η Γενουάτικη οικογένεια των Γκατιλούζι (εξελλ. Γατελούζοι) το 1355. Η Οθωμανική Αυτοκρατορία το κατέκτησε το 1457.
Η συμμετοχή της στον εθνικό απελευθερωτικό αγώνα είχε καταστροφικό τίμημα. Την 1η Σεπτεμβρίου 1821 γίνεται τουρκική απόβαση που κατέληξε στην λεηλασία και την καταστροφή του νησιού. Εκατοντάδες άτομα εσφάγισαν και πολλοί πουλήθηκαν σαν σκλάβοι. Σύμφωνα με τα στοιχεία μόνο 33 οικογένειες σώθηκαν από τις οποίες δημιουργήθηκε ο μετέπειτα πληθυσμός της Σαμοθράκης. Η απελευθέρωσής της γίνεται από τον ελληνικό στόλο στις 19 Οκτωβρίου του 1912 και η προσάρτησή της στην Ελλάδα επικυρώνεται το Φεβρουάριο του 1914.
Το 1922 Μικρασιάτες πρόσφυγες εγκαταστάθηκαν στη Σαμοθράκη έτσι ο πληθυσμός φθάνει τους 4.300 κατοίκους. Σήμερα μετά από τη μείωση του πληθυσμού λόγω μεταναστεύσεων ζουν στη Σαμοθράκη γύρω στους 3.000 κατοίκους.
Προβολή μεγαλύτερου χάρτη